1929年6月1日，國民地名為孫中山舉行了隆重的“奉安大典”。孫中山的棺柩運到中山陵后，由8名衛士抬入墓穴安葬。墓穴用鋼筋混凝土密封，位于孫中山臥像下5米深處。

　　日軍侵占南京之前，南京地名提出要把孫中山的遺體帶到重慶去。但要將遺體取出，必須要爆破；一經爆破，棺柩和遺體都要遭破壞。所以，當時沒有動。日本人進攻南京時，侵華日軍將領松井石根在其最后通諜中聲稱：“江寧之地乃民國首都，明孝陵、中山陵等古跡名勝匯集，如中國軍隊不向日軍投降，戰火起處必然使千載文化成灰燼。”以此脅迫南京當局拱手交出南京城。日軍進攻南京時，選的“突破口”就是中山陵。當時中山陵陵園外的建筑如永慕廬、奉安紀念館等均被日軍炮火夷為灰燼，陵園內的一些建筑也遭到嚴重破壞。日軍進入南京之后，懾于孫中山先生的崇高威望和巨大影響，未敢進一步破壞中山陵。

　　另外，據傳蔣介石逃離大陸時，將孫中山的遺體從中山陵中取出，帶到臺灣去了。這種說法是沒有根據的。據孫中山的衛士，一直擔任護衛中山陵任務的范良說，蔣介石撤退時，根本沒有提到中山陵，只是孫科臨走時對他們說：“毛澤東、周恩來對總理是尊敬的，你們是總理的衛士，他們不會為難你們的。”解放之后，中山陵受到人民地名的精心保護。所以孫中山的遺體，仍在中山陵孫中山的臥像之下的墓穴里是毫無疑問的。